Index

_

__init__() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method)

C

clip_logfc_in_nested_deg_df() (in module sjanpy.tl.deg)

complex_dotplot() (in module sjanpy.pl.dotplot) compute_nested_deg_df() (in module sjanpy.tl.deg)

D

diagnose() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method)

F

fan_dotplot() (in module sjanpy.pl.dotplot) fancy_embedding_pro() (in module sjanpy.pl.embedding) fast_two_group_deg() (in module sjanpy.tl.deg) filter_human_sc_genes() (in module sjanpy.pp.genecraft)

filter_mouse_sc_genes() (in module sjanpy.pp.genecraft) filter_rat_sc_genes() (in module sjanpy.pp.genecraft) fit() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method) fit_transform() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method)

G

generate_highlight_dict() (in module sjanpy.tl.deg) get_background_gene_dict() (in module sjanpy.pp.genecraft)

get_dotplot_df() (in module sjanpy.pl.dotplot) get_statistics() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method)

M

module sjanpy.pl.barplot sjanpy.pl.dotplot sjanpy.pl.embedding sjanpy.pl.nebulosa sjanpy.pl.volcano sjanpy.pp.genecraft sjanpy.pp.split sjanpy.tl.deg sjanpy.tl.pres

N

nebulosa_density() (in module sjanpy.pl.nebulosa)

P

PearsonResidualsScaler (class in sjanpy.tl.pres) plot_cluster_deg_jitter_highlight() (in module sjanpy.pl.volcano)

plot_stacked_bar_repel() (in module sjanpy.pl.barplot) plot_volcano() (in module sjanpy.pl.volcano)

S

silverman_bandwidth() (in module sjanpy.pl.nebulosa) sjanpy.pl.barplot module sjanpy.pl.dotplot module sjanpy.pl.embedding module sjanpy.pl.nebulosa module sjanpy.pl.volcano module

sjanpy.pp.genecraft module sjanpy.pp.split module sjanpy.tl.deg module sjanpy.tl.pres module stratified_split() (in module sjanpy.pp.split)

T

transform() (sjanpy.tl.pres.PearsonResidualsScaler method)

W

wkde2d() (in module sjanpy.pl.nebulosa)

wkde3d() (in module sjanpy.pl.nebulosa)